甲公司如果有党组织的，甲乙公司不在同一地点办公，仍去乙公司申请入党，会被认为是异地入党，不予承认党员身份的，不属于纪律处分的。
甲公司如无党组织的，乙公司有党组织的，甲乙公司属于同一总公司的两家分公司，又在同一地点办公，彼此员工非常熟悉，在乙公司申请入党也未尝不可，解释清楚即可。