有人事档案的，不再单独建党员档案，应将有关入党材料存入人事档案。没有人事档案的，由党委保存党员档案。

《中国共产党党员教育管理条例》第二十六条 对没有人事档案的党员，应当由具有审批预备党员权限的基层党委建立党员档案，由所在党委或者县级以上党委组织部门保存。
        根据问题，借鉴上述规定，公司党支部把党员档案接收后，应交由上级基层党组织，由上级基层党组织进行保存。