可以由上级党委直接指定吗？

不可以，应由选举产生。

《中国共产党支部工作条例》第七条　对因党员人数或者所在单位、区域等发生变化，不再符合设立条件的党支部，上级党组织应当及时予以调整或者撤销。
党支部的调整和撤销，一般由党支部报所在乡镇（街道）或者单位基层党委批准，也可以由所在乡镇（街道）或者单位基层党委直接作出决定，并报上级党委组织部门备案。

根据上述规定，党总支调整为支部，应按相应的程序进行重新选举，并报上级党委审批。

       党总支降格为党支部后，应当重新进行选举。