根据《中国共产党发展党员工作细则》第三十二条预备党员预备期满，党支部应当及时讨论其能否转为正式党员。认真履行党员义务、具备党员条件的，应当按期转为正式党员；需要继续考察和教育的，可以延长一次预备期，延长时间不能少于半年，最长不超过一年；不履行党员义务、不具备党员条件的，应当取消其预备党员资格。
按规定，在2023年6月28日后，召开的党员转正大会和党委审批时，一般是决定如期转正还是取消其预备党员资格（已延期转正1年）。具体操作层面，可进一步请示上一级党组织。
《中国共产党发展党员工作细则》

我想，对于您提出的问题，一定要理清基本事实的基础上，按照有关规定进行处理，要具体问题具体分析。
首先，我们看有关要求：
《中国共产党发展党员工作细则》第三十二条第二款中规定，“预备党员预备期满，党支部应当及时讨论其能否转为正式党员。认真履行党员义务、具备党员条件的，应当按期转为正式党员；需要继续考察和教育的，可以延长一次预备期，延长时间不能少于半年，最长不超过一年；不履行党员义务、不具备党员条件的，应当取消其预备党员资格。”
可以看出，需要延长预备期的预备党员，介于按期转正与取消预备党员资格之间，属于不完全具备党员条件，是需要延长预备期继续进行考察和教育的，一般有以下几种情况：
（1）入党时有某些缺点，在预备期间转变不明显，不完全具备党员条件，但本人愿意继续接受党组织的教育和考察，决心按照党员标准去做的；
（2）入党时基本具备党员条件，但入党后不能严格要求自己，在思想、工作、学习等方面出现一些缺点，经党组织指出后，愿意改正的；
（3）入党后犯了一般性错误，本人检查认识深刻，下决心改正错误的；
（4）入党后虽然一般表现尚好，但政治素质较差，党组织认为应该继续进行教育和考察的。
如果您提的情况，其党员档案中“入党材料不齐全”“实践逻辑不正确”等，属于组织的问题，而该同志又没有需要延长预备期的上述情形，就不应当延长预备期。
第二，对于您提到的这种情况，如果是因为调入你单位时间太短，需要进一步了解情况，可以推迟讨论其转正问题。具体规定如下：
《中国共产党发展党员工作细则》第三十六条规定，“基层党组织对转入的预备党员，在其预备期满时，如认为有必要，可推迟讨论其转正问题，推迟时间不超过六个月。转为正式党员的，其转正时间自预备期满之日算起。”
第三，如过确实需要延长预备期，大体流程是：（1）召开支委会研究预备党员延长预备期事项；（2）召开支部党员大会讨论并表决；（3）报上级党委审批。

根据你所述情况，预备党员的有关材料不全，主要责任不在预备党员个人，而在有关党组织。既然有关材料现已补齐，如无其他问题，建议及时召开支部党员大会，在充分讨论的基础上，形成同意其按期转为中共正式党员的决议，并报上级党委批准。

这种情况不宜延长预备期。
《发展党员工作条例》第三十二条规定：需要继续考察和教育的，可以延长一次预备期，延长时间不能少于半年，最长不超过一年。
该同志只是入党材料不齐全，时间逻辑填写不规范，政治上具备党员条件，虽然转正的时间推迟了一年，但仍应当按按期转正进行讨论研究。

他的转正延长决定应该是2022年6月28日做出，而不是现在。

不可以。具体可以再请示一下上级党组织。
他的预备党员转正时间为2022年6月28日，到2022年6月27日的话，就是一年。根据规定延长时间不得超过一年。
《中国共产党发展党员工作细则》：认真履行党员义务、具备党员条件的，应当按期转为正式党员。

《中国共产党发展党员工作细则》
第三十二条 预备党员的预备期为一年。预备期从支部大会通过其为预备党员之日算起。
预备党员预备期满，党支部应当及时讨论其能否转为正式党员。认真履行党员义务、具备党员条件的，应当按期转为正式党员；需要继续考察和教育的，可以延长一次预备期，延长时间不能少于半年，最长不超过一年；不履行党员义务、不具备党员条件的，应当取消其预备党员资格。