直接由集团公司党委下文。

建议由上级党委直接研究决定，由党委改设为党总支。

根据你所述情况和有关规定，应按有关规定撤销原有党委，再成立党总支。

这位网友，首先要和您说明的是，根据《国有企业党组织工作条例》，党委和党总支的区别是党员人数，而和二级单位还是三级单位是没有直接关系的。
然后回答您的问题，最简单的办法，由降为三级单位的上级单位党委研究，决定将三级单位的原来党委改组为党总支部，书记、副书记可以任命，重新召开一次党员大会选举总支委员会就可以了。