根据你所述情况，不能算作违规转正。

    根据《中国共产党发展党员工作细则》（中办发〔2014〕33号）第三十五条规定：“预备期未满的预备党员工作、学习所在单位（居住地）发生变动，应当及时报告原所在党组织。原所在党组织应当及时将对其培养教育和考察的情况，认真负责地介绍给接收预备党员的党组织”。我不知道你说的“档案没弄好”是党员档案还是人事档案。按理讲，你9月进单位的时候要审个人档案，人事档案应该不会存在大问题。另外，你还在预备期内，党员档案和人事档案是分开的，这个时候的人事档案中并没有放入入党资料，组织关系的转接，与人事档案档案是否完整没有必然关系。如果是党员档案没弄好，那组织关系学校也不可能转的到村里，而且从你入党时间节点看，组织关系在村里也就3个月时间，在村期间党员档案能缺什么资料？
    所以，就你的问题而言，1.人事档案是否完善和党组织关系转接没有必然因果关系，工作单位党支部不能以此为由拒绝转接党组织关系；2.在村里转正不符合党员发展规定，鉴于你已经在村里转正，不知道你转正时是否征求了工作单位意见，档案中是否有相关说明和认定材料，这种情况组织部门是否予以认可等等？这些需要咨询当地组织部门。